拳皇2003金手指手機版由街機版的移植而來，自帶金手指模擬器，金手指支持無限時間和必殺能量，直裝即可游玩，非常方便。拳皇2003游戲繼承了《拳皇》系列經典的三對三組隊模式，但三名隊員同時上場，玩家可以看到畫面中體現的是三排血槽。對戰時間依然為60秒，第一位隊員被擊敗后，下一個隊員會立即登場，直到擊敗對方三名隊員或時間結束。

　　拳皇2003游戲的故事背景發生在繼大蛇篇和NESTS篇之后，新主人公阿修·克里門森的出現，引領故事進入新的篇章。這次KOF大賽由神秘的主辦者舉辦，流言在各地彌漫，但盡管如此，曾經在舞臺上身經百戰的格斗家們依然紛紛表態參加。大會宣布了新規則“多次移位”系統的導入，允許選手在戰斗中自由更換上場隊員，這一新規則很快成為了世界各地討論的焦點。

【金手指使用說明】

　　運行拳皇2003后，點擊左上角的【金手指】圖標。

　　然后開啟對應金手指即可。

【游戲特色】

　　戰斗模式：

　　在戰斗模式上，拳皇2003依然繼承了三對三的組隊模式，不過對戰模式發生了變化，三名隊員同時上場，玩家們可以看到畫面中體現的是三排血槽，可是對戰時間依然還是60秒，第一位隊員被擊敗后，下一個隊員會立即登場，直到擊敗對方三名隊員，或者是時間結束。

　　當能量槽出現CHANGE OK時可以變換出場隊友，CD換上一名隊友，BC換下一名隊友，至此KOF系列通用的CD超重擊被取消。換而代之的是消耗CHANGE OK和能量槽的超重擊，可以破壞對手的防御，令對手產生硬直時間，并受到己方另一位隊員的登場攻擊。連續技方面也發生了變化，并增加了隊長必殺技這一設定。

　　角色設定：

　　游戲中共有34名可選擇角色，這些角色被分為11支隊伍，每隊由3名角色組成。其中包括主人公隊（阿修·克里門森、墮瓏、神武）、餓狼傳說隊（特瑞·博加德、獅鷲假面、東丈）、極限流隊（坂崎良、羅伯特·加西亞、坂崎百合）等。

　　草薙京和神樂千鶴作為隱藏角色，需要通過特定的指令才能選擇。在PS2版中，還追加了原本僅由CPU操控的三名可選擇隱藏角色。

【游戲隱藏要素】

　　草薙

　　在任意位置輸入↓↙←↖←↙↓↘→↗+任一鍵（NEOGEO）

　　神樂千鶴

　　在任意位置輸入↑↖←↙↓↘→↗→↘↓↙+任一鍵（NEOGEO）

　　阿迪爾海德·伯恩斯坦

　　打敗最終BOSS是阿迪爾海德后，在八神庵頭像按R1即可選擇（PS2）

　　無界

　　打敗最終BOSS是無界后，在八神庵頭像按R1即可選擇（PS2）

　　游戲結局

　　以消耗能量點的攻擊方式打敗草薙，最終BOSS就是無界，取勝后將獲得隊伍的官方結局；反之最終BOSS是阿迪爾海德，在結局后會直接宣布Game over。